流域水环境研究所致力于流域水环境污染问题的理论研究与技术创新，结合国际前沿研究方向和国家重大战略需求，系统研究基于污水绿色再生、生态储存、梯级回用的新理论、新技术，为流域水环境管理提供科学依据和技术支撑。主要研究方向包括：人工湿地结构优化技术，湿地植物资源化技术，植物配置及生态修复技术，新型膜生物反应器技术，高效低耗厌氧脱氮技术、鱼菜共生系统构建技术，污染水体修复技术，水华藻污染控制技术。
流域水环境研究所现有不同研究背景的专职教师6人、形成了一支多学科交叉的高素质科研创新团队，其中博士生导师4人（张建教授、梁爽教授、倪寿清教授、刘莹副教授），硕士生导师2人（胡振副教授、庄林岚博士）。所长张建教授（中国青年科技奖获得者）教育部新世纪优秀人才；倪寿清教授（山东省自然科学杰出青年基金获得者）、刘莹副教授入选“bat365中文官方网站青年学者未来计划”。
流域水环境研究所已先后承担国家科技重大专项、国家科技支撑计划重点项目、国家自然科学基金重点国际合作研究项目、国家自然科学基金面上项目、山东省自然科学杰出青年基金项目等国家级、省部级课题30余项；发表SCI收录论文200余篇，多篇论文发表于环境领域顶级期刊并作为封面文章发表，论文他引率8000余次，多篇论文入选ESI高被引论文（TOP 1%）和知名期刊的Top Cited Papers，在相关研究领域产生重要影响，受到广泛关注和认可；获发明专利授权50余件，其中国际PCT专利2件，编制环境技术标准2项；研究成果入选科技部、住建部等联合编制的《国家节水治污水生态修复先进技术目录》，在淮河、海河等流域污染治理中得到大规模广泛应用，支撑建成3个国家湿地公园，累计净化水量260万m3/ d，为流域水质改善和生态恢复做出了突出贡献，获教育部科技进步一等奖1项，山东省科技进步一等奖1项，其他省部级二等奖2项。
